
En 1581 fue fundada la iglesia San Juan Bautista de Penonome, por Diego Villanueva Zapata. Sin embargo su nombre proviene de un casique llamado Nomé que luchó contra las tropas españolas del conquistador Badajoz. Este, deseoso de oro, persiguiò a Nomè, y lo sometió a torturas para obligarlo a decir donde guardaba sus riquezas.
El cacique murió por las graves heridas de la tortura. Se dice que al pasar por este lugar el también español licenciado Espinosa, encontró un sepulcro con una piedra donde estaba grabada una inscripción que leía: "Aquí penó Nomé". Posee una población en su mayoría de extracción mestiza, producto de la mezcla entre elementos negroides, aborígenes y caucásicos, hay un gran segmento de ascendencia aborigen, y minorías afropanameñas y caucásicas.